臺灣梅花鹿、水鹿、蘭嶼豬與桃園豬粒線體DNA序列與親緣關係之研究

出版年份: 
2012年
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摘要: 

本試驗目的解讀臺灣梅花鹿(Cervus nippon taiounanus , Formosan Sika deer)、臺灣水鹿(Rusa unicolor swinhoei , Formosan sambar) 、蘭嶼豬 (Sus scrofa vittatus, Lanyu pig)與桃園豬(Sus scrofa vittatus, Taoyuan pig)粒線體全長序列,並以核苷酸變異探討鹿科與豬種動物之間親緣關係。本試驗分別設計27對、28對、34對與33對引子成功定序臺灣梅花鹿、臺灣水鹿、蘭嶼豬與桃園豬粒線體全長序列,上述鹿種與豬種是國家級保種動物,四條序列成功定序並公開發表至美國生物資訊資料庫NCBI GenBank網站,其粒線體完整序列長度與序列編號為臺灣梅花鹿16,436 bp (DQ985076)、臺灣水鹿16,505 bp (DQ989636)、蘭嶼豬16,747 bp (DQ518915)與桃園豬16,728 bp (DQ534707) 。粒線體全長序列共包括1個D-loop控制區、2個rRNA (12S與16S)、22個tRNA及 13 個mRNA基因 (NADH1;NADH2; NADH3; NADH4; NADH4L; NADH5; NADH6; ATP6; ATP8; Cytb; CO1; CO2;CO3)。
利用鄰接法(neighbor-joining methods)統計模式將臺灣水鹿以D-loop與13種鹿科動物比較,鹿科動物可區分成歐洲型與亞洲型,臺灣水鹿與中國水鹿(Rusa unicolor hainana, GQ304777)屬於同一分支,兩者皆屬於亞洲型。試驗又收集臺灣水鹿保種場與商用水鹿繁殖場共24隻血液樣品,分析粒線體D-loop區域,親緣關係顯示,以Rusa unicolor hainana作為外群 (out-group),商用水鹿與保種場之臺灣水鹿可區分成2個分群(clade),此結果代表商用水鹿場與保種場水鹿種原基因交流頻繁。
以蘭嶼豬全長序列及D-loop區域與歐亞豬種序列比較結果發現,蘭嶼豬種屬於獨立分支,親緣關係分類上介於歐洲與亞洲型豬種之間,代表蘭嶼豬與其他豬種基因交流不頻繁,豬種間並沒有受到族群遷徙而導致基因交流或漸滲雜交(introgression)的影響。